二周目主线打通后先去自然公园那边的桥洞找科拿，进游戏时间是晚上才会刷新，白天蹲在那没用。黑白二周目的核心内容其实就三块：三神柱、开闭之间、还有各城市支线剧情的隐藏对话，抓神兽这条线是大头，下面按优先级说。
三神柱的位置是版本对应的，黑版对应龙门镇一侧的洞穴，白版对应对面那个，进洞前要先把八代四天王加冠军的剧情推完，不然洞口是锁着的进不去。这个判定逻辑很简单：游戏内部用一个剧情旗标控制场景对象的加载，旗标没翻，场景里那个神兽的实体压根没生成，你进去也只是个空房间。所以别信什么用特殊道具能提前解锁的说法。
有人说骷髅王和沙基怪必须用一次性精灵球才能收，不然直接跑
这个说法不准确。骷髅王和沙基怪战斗开始时确实有一定概率直接逃跑，概率不算高，但跟球的种类没关系，球只影响捕捉判定那一步，不影响它开场跑不跑。真正管用的办法是先用速度更快的宝可梦上场，一进战斗立刻用超能力或电系技能打一下削血，再上封系统或者高级球，命中率会稳很多。
开闭之间的两只龙是黑白二周目里判定最特殊的一对。它们的机制是：捕捉哪一只由你手里正版卡带的版本号决定，黑版对应曦莲，白版对应炽焰，另一只必须靠联机交换获得，单机版本内没有任何隐藏手段能同时抓到两只。这也是为什么很多资源站会分黑白两套图文，不是内容重复，是版本本身就把内容拆开了。位置在冠军之路深处的最终房间，拿到国家图鉴之后才会显形。
隐藏剧情这块我一般是先跑一遍希欧塔木镇的地下拳馆支线，触发条件是携带至少一只六代进化的宝可梦进城，NPC对话里会多出一段关于N的后续剧情，这段跟神兽捕捉没有直接关系，但会解锁一个后期道具商店，卖的进化石种类比普通商店多。如果你只想冲图鉴，这段可以跳过不影响主流程。
三圣鸟的捕捉判定跟前面的神柱不一样，它们不是固定点位刷新，而是抓到一次逃跑之后会随机跳到地图上另一个区域，判定用的是区域编号池，每次战斗失败后从池子里重新抽一个坐标。所以追着满世界跑是正常现象，不是程序出错。想稳定堵到它，最简单的办法是先用大师球留一个，省得来回追逃浪费时间。
捕捉顺序上建议先收三神柱，再收开闭之间那只，最后收三圣鸟，原因是神柱和开闭之间的战斗一旦触发失败可能会导致剧情对象暂时消失，需要重新进入场景刷新，时间成本比追着跑的三圣鸟高得多。
这套流程只适用于国行或者正版卡带存档，如果是通过修改器或者非官方补丁跑的游戏，场景旗标和随机点位池的判定逻辑可能被覆盖，上面说的触发条件不一定成立。另外联机交换那部分需要两台设备都联到同一时段的服务器，单机模拟环境下拿不到另一只龙。
